Заповедник Муджиб расположен в живописном ущелье Вади Муджиб, плавно сбегающем в Мёртвое море на отметке 400 метров ниже уровня моря. Граничащая на западе с морскими волнами, территория заповедника на востоке граничит с горами Карака и Мадабы, достигающими в некоторых местах высоты 900 метров над уровнем моря.

Таким образом, перепад высот на всём пространстве заповедника достигает 1300 метров, что в сочетании с неизменно-значительными в течение всего года показателями влажности, которую обеспечивает здесь постоянный приток воды по склонам плюс достаточно специфическая, закрытая атмосфера ущелья, обуславливает неслыханно богатое для региона био разнообразие местных экосистем. Учёными уже обнаружено здесь 420 видов растений, 10 видов животных и 102 вида птиц, причём их исследования далеки от своего завершения.